Analisis data umum
Data babagan garis keturunan SARS-CoV-2 lan tanggal sampel dijupuk saka urutan sing kasedhiya saka Chili dipikolehi saka situs Consorcio Genomas CoV2 sing kasedhiya ing https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. Data vaksinasi dijupuk saka data umum saka Kementerian Ilmu Pengetahuan, Teknologi, Pengetahuan lan Inovasi kasedhiya ing https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (Produk 83).
Tes infeksi
Virus pseudotype sing nggawa protein spike SARS-CoV-2 sing beda-beda wis disiapake kaya sing wis diterangake sadurunge.12. Sedhela, pseudotypes SARS-CoV-1 adhedhasar HIV-2 diprodhuksi ing sel HEK293T kanthi nransfer pNL4.3-ΔEnv-Luc bebarengan karo vektor pengkodean pCDNA-SARS-CoV-2 Spike sing cocog ing rasio molar 1:1. Plasmid ngode spike sing dioptimalake kodon sing ora duwe 19 asam amino pungkasan saka ujung terminal C (SΔ19) sing dikenal kanggo nyegah retensi ing retikulum endoplasma.12 dipikolehi kanthi sintesis gen utawa mutagenesis sing diarahake situs khusus (GeneScript) lan ngemot mutasi ing ngisor iki: garis keturunan A (urutan referensi), garis keturunan B (D614G), garis keturunan B.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), garis keturunan P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027, 37Y, T75, 76- 246, L252Q, F452S, D490G, T614N). Saben preparasi pseudotype diresiki kanthi sentrifugasi ing 859 rpm ing suhu kamar, diukur nggunakake Kit HIV-3,000 Gag p1 Quantikine ELISA (Sistem R&D), diasingake ing 24% serum sapi janin (Sigma-Aldrich) lan disimpen ing -50 °C nganti nggunakake. Jumlah virus pseudotyped sing beda-beda (kaya sing ditemtokake dening tingkat protein HIV-80 p1) digunakake kanggo nginfèksi sel HEK-ACE24 lan 2 jam sabanjure, aktivitas luciferase kunang-kunang diukur nggunakake Luciferase Assay Reagent (Promega) ing Glomax 48 Microplate Luminometer (Promega).
Tes netralisasi
Tes netralisasi virus pseudotyped ditindakake kanthi dhasar kaya sing wis diterangake sadurunge12. Sedhela, pengenceran serial saka conto plasma (1: 4 nganti 1: 8748) disiapake ing DMEM kanthi 10% serum sapi janin lan diinkubasi karo 5 ng p24 saben virus pseudotyped sajrone 1 jam ing 37 ° C lan banjur, 1 × 10.4 sel HEK-ACE2 ditambahkan ke masing-masing sumuran. Sel HEK293T (ora nyatakake ACE2) sing diinkubasi karo virus pseudotyped (garis keturunan A) digunakake minangka kontrol negatif. Sel wis lysed 48 jam mengko, lan aktivitas luciferase firefly diukur nggunakake Luciferase Assay Reagent (Promega) ing Glomax 96 Microplate luminometer (Promega). Persentase netralisasi kanggo saben pengenceran diitung lan ID50 saben sampel diitung nggunakake GraphPad Prism versi 9.0.1.
Analisis statistik
Analisis statistik ditindakake kanthi nggunakake piranti lunak GraphPad Prism versi 9.1.2. Perbandingan macem-macem klompok kanggo netralisasi titer antibodi (NAbTs) nglawan panel virus pseudotyped SARS-CoV-2 uga mbandhingake tanggapan NAbs miturut jinis lan status asap ditindakake nggunakake tes peringkat sing ditandatangani Wilcoxon. Owah-owahan faktor diitung minangka bedane titer rata-rata geometris ing ID50 dibandhingake karo virus pseudotyped jinis Wild. Analisis korélasi antara NAbT lan umur utawa BMI ditindakake kanthi nggunakake tes Spearman. ANOVA siji-arah lan tes perbandingan kaping Tukey ditindakake kanggo analisis statistik infektivitas. Nilai p ≤0.05 dianggep signifikan sacara statistik.
Persetujuan etis
Protokol sinau disetujoni dening Komite Etika Fakultas Kedokteran ing Universidad de Chile (Proyek N° 0361-2021 lan N° 096-2020) lan Clínica Santa Maria (Proyek N°132604-21). Kabeh donor mlebu idin sing wis dingerteni, lan contone dianonimake.
Pengaruh mutasi lonjakan ing varian Lambda ing infeksi lan netralake respon antibodi
Analisis saka 3695 urutan saka Chili sing disimpen ing GISAID per 24 Junith 2021 nuduhake dominasi sing jelas saka varian SARS-CoV-2 Gamma lan Lambda sajrone akuntansi trimester pungkasan, bebarengan, kanggo 79% kabeh urutan.
Sing nggumunake, wektu iki wis ditondoi dening kampanye vaksinasi massal ing ngendi 65.6% saka target populasi (18 taun lan luwih lawas) wis nampa skema vaksinasi lengkap saben 27 Juni.th 2021
Amarga 78.2% wong sing disuntik kanthi skema lengkap nampa vaksin virus CoronaVac sing ora aktif saka Sinovac Biotech, kita ngupayakake neliti pengaruh mutasi spike sing ana ing varian Lambda babagan kapasitas netralisasi antibodi sing ditimbulake dening vaksin iki.
Kanggo iki, kita ngasilake virus pseudotype SARS-CoV-1 berbasis HIV-2 sing nggawa protein spike saka garis referensi Wuhan-1 (Tipe liar; garis keturunan A), mutasi D614G (garis keturunan B), lan Alpha (garis keturunan B). .1.1.7), Gamma (garis keturunan P.1) lan Lambda (garis keturunan C.37).
Sajrone nyiapake virus, kita terus-terusan mirsani yen sel sing kena infeksi virus pseudotyped sing nggawa spike Lambda ngasilake nilai bioluminesensi sing luwih dhuwur yen dibandhingake karo mutan D614G utawa varian Alpha lan Gamma sing nuduhake infektivitas tambah sing didorong dening protein spike Lambda.
Tokoh 1.Infektivitas ditengahi dening macem-macem protein spike.
(A) Perwakilan skematis protein spike SARS-CoV-2 lan varian sing digunakake ing panliten iki. Garis keturunan dituduhake ing kurung. RBD, domain pengikat reseptor, CM; buntut sitoplasma.
(B) Titrasi pseudotypes saben garis keturunan nggunakake jumlah sing padha karo HIV-1 p24. Aktivitas luciferase firefly diukur minangka unit luminescence relatif (RLU) ing 48 jam sawise infeksi. Rata-rata lan SD diwilang saka eksperimen triplicate perwakilan.
Sabanjure, kita nggunakake virus pseudotyped sing kasebut ing ndhuwur kanggo nindakake tes netralisasi nggunakake 79 conto plasma saka buruh kesehatan sehat saka Universidad de Chile lan Clínica Santa María ing Santiago, Chile.
Kita ora kalebu 4 conto amarga ora bisa ngetung titer ID50. Saka sampel sing dianalisis, 73% cocog karo wanita, umur rata-rata 34 taun (IQR 29 - 43) lan indeks awak maksimal (BMI) 25 (IQR 22.7 - 27). A 20.5% saka peserta nyatakake dadi perokok aktif nalika periode imunisasi tetep. Sampel dijupuk ing rata-rata 95 dina (IQR 76 - 96) sawise dosis kaping pindho vaksin CoronaVac.
Kita mirsani yen netralisasi virus pseudotype sing nggawa protein spike jinis Wild ngasilake pengenceran penghambatan 50% (ID.50) rata-rata titer 191.46 (154.9 - 227.95, 95% CI,), dene iku 153.92 (115.68 - 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 - 163.2, 95% CI, 104.57% CI), -75.02% CI ) lan 134.11 (95 – 78.75, 49.8% CI) kanggo virus pseudotype sing mawa protein spike saka mutan D107.6G utawa varian Alpha, Gamma lan Lambda.
Kita uga mirsani sing geometris tegese titer saka ID50 titer mudhun kanthi faktor 3.05 (2.57 - 3.61, 95% CI) kanggo virus pseudotyped mawa spike Lambda, 2.33 (1.95 - 2.80, 95% CI) kanggo spike Gamma, 2.03 (1.71 - 2.41% CI), 95 kanggo spike Alpha lan 1.37 (1.20 - 1.55, 95% CI) kanggo spike D614G yen dibandhingake karo spike jinis Wild.
Ora ana korélasi antarane jinis, umur, indeks massa awak (BMI) utawa status kumelun lan netralisasi titer antibodi sing diamati ing kohort sinau.
Tokoh 2.Uji netralisasi nggunakake conto plasma saka vaksin CoronaVac
(A) Owah-owahan ing titer netralisasi 50% timbal balik (ID50) ing conto plasma saka 75 panampa vaksin CoronaVac marang D614G (garis keturunan B), Alpha (garis keturunan B.1.1.7),
Varian Gamma (garis keturunan P.1) lan Lambda (garis keturunan C.37) dibandhingake karo virus jinis liar. Asil ditampilake minangka prabédan ing titer netralisasi saka conto sing cocog. Nilai P kanggo comparison saka ID50 diwilang nganggo Wilcoxon signed-rank test.
(B) Plot kothak nuduhake median lan interquartile range (IQR) saka ID50 kanggo saben virus pseudotyped. Owah-owahan faktor ditampilake minangka bedane titer rata-rata geometris ing ID50 dibandhingake karo virus pseudotyped jinis Wild. Analisis statistik ditindakake kanthi nggunakake uji Wilcoxon matched-pair signed-rank.
Bebarengan, data kita nyritakake manawa protein spike saka varian minat Lambda sing mentas diakoni, sing nyebar banget ing negara-negara Chili lan Amerika Selatan, nggawa mutasi sing nambah infektivitas lan kemampuan kanggo uwal saka antibodi netralisasi sing ditimbulake dening CoronaVac.
